網絡系統發達的時代，由“決鬥怪獸卡之父”貝卡斯·J·克羅佛多所創造的遊戲——決鬥怪獸，在SOL技術公司的高度網絡技術構築『LINK VRAINS(連接境智網(虛擬實境人工智能網絡系統))』的VR空間中盛行，人們為那VR空間中全新的決鬥體驗而狂熱。但無論是在現實還是LINK VRAINS中，無形的風暴正在醖釀着，命運的齒輪開始了大幅度轉動……而身處風暴核心的那個人，現實中是決鬥學院的普通學生——遊城哲也，而在LINK VRAINS中，他是以壓倒性的決鬥擊倒神秘黑客集團『漢諾騎士』的傳説決鬥者“VORPAL SWORDS”。